晚清時期，中國的貿易大門為之開通，社會、經濟及文化受到很大的衝擊，而廣東可謂首當其衝。其時，不少在廣州、惠州或沿海生活的居民和僧侶因不堪困擾，跑到澳門或香港，遠避時亂。
當時有位來自廣州華林寺的堅性老和尚獨個來到澳門，隨緣弘法，獲得紳商盧廉若、梁裕簡等居士支持，合組紫竹林慈善會。適值，澳門沙崗的祥雲仙院住持已無意經營道院，得知堅性老和尚有意駐澳弘法，願意轉讓，經文第士律師協助，堅性老和尚購得業權，由於道觀與佛寺的建築相類似，因此只須將門牌改為「紫竹林」就成為現代澳門的第一間佛院。老和尚曾習中醫，精於眼科，而澳門華人以貧苦大眾者居多，因此專奉藥王菩薩，一方面以醫藥救濟貧苦，另一方面，藉佛菩薩的慈悲撫慰眾生的心靈。
初時，佛院僅得房舍一幢，旁邊俱為荒野農地，為防土豪爭奪，於是修築圍牆，稍事擴張。由於法師也喜好書畫，愛好舞文弄墨，經常接引避居澳門的文化人士，曾與潘達微、高劍父等人合辦《真相畫報》，藉文藝弘揚佛法，使竹林寺成為澳門的文化重鎮。
在盧九花園附近的賈伯樂提督街亦有一所佛寺，坊眾稱為藥山寺，亦是供奉藥王菩薩。創辦人果清法師原是廣州惠愛街藥王廟住持，本身是中醫師，後來轉到華林寺任方丈。1924年，寺院被政府沒收，只得返回藥王廟寄住，最後以廣州社會波動，流落香港，隨緣行醫，醫活許多奇難雜症，譽滿一時。時至三十年代，以年屆高齡，意欲避靜隱修，於是移居澳門，隨緣籌建靜室。因身無分文，只得艱辛籌措。佛寺於1933年建成，果清法師親題「藥王禪院」石額及撰聯「開不二法門居然鷲嶺；渡大千世界無異祇園。」正有繼承廣州藥王廟之志願，但老和尚年高體弱，也不堪操勞，因此創寺幾年便往生，而道場亦只維持細小規模。
尚有一間在崗頂龍鬚街的功德林則建於二十年代。功德林原為南洋煙草公司老闆簡照南之宅第，後來有觀本居士，潛修佛學，意願弘揚佛法，得簡氏以廉價轉讓產業，化別墅為道場。觀本居士既精禪理，亦專修念佛法門，乃取名「無量壽功德林」。
1929年，住在附近的何張蓮覺夫人每天聲到佛院傳來嘹亮的梵唄聲，特別向住持提議組織女子佛學院，促成澳門第一所女眾叢林，意義深遠。兩年後，觀本居士依虛雲老和尚出家受戒，從此在省港澳之間往來弘法，席不暇暖，只能短時間停留澳門，寺務亦趨平淡。
果清老和尚在港行醫的啟事