清代《粵海關志》所見的觀音堂及蓮峰廟（中間部分）
澳門與香港均位處廣東南端的瀕海地區，鎮守珠江出口的兩邊。站在中國版圖而言，因遠離中原，屬於國家沿海邊陲區域。十六世紀後，歐洲人接踵來華，基於航海路線關係，澳門與香港就成為中國對外事務的第一度防線，這就解釋了為何這五百年來的中外糾紛以至殖民統治，首先都在廣東沿海發生。
澳門地方雖小，卻有三間逾三百年的著名佛寺，分別是媽閣廟、普濟廟院及蓮峰廟，合稱「三大古剎」，且均大有來頭。
位於內港的媽閣廟在何時創建已無法考證，據說最初在海邊建造海覺寺，到明代弘治年間（1488年）增建弘仁殿，可知已有五百年以上的歷史。後來，有福建來的商人在海上遇上颶風，祈求媽娘（天后）保佑，最終平安登岸，於是集資建造石殿供奉媽娘像。二百年後，因殿閣失修，善信聘請景曦和尚為住持，重修道場，增建禪堂僧舍，取名正覺禪林。雖然寺內神佛兼奉，但也是法幢高懸，高僧輩出的道場，因此一直吸引官紳名流及文人雅士參訪，諸如廣州知府（市長）及香山副將（將軍）均到寺流連，更留下墨寶石刻，成為澳門的著名文物。
而普濟禪院與蓮峰廟則與明末清初的「遺民僧」歷史有莫大關係。相傳土著在望廈村西面建有一座觀音廟，但不許閩籍村民拜祭，他們憤而在附近另建一所觀音堂，即普濟禪院的前身。
其時正值明朝敗亡，許多遺民及文人雅士，跟隨帝室將領流亡到廣東，更有部分人遁迹空門，寄身寺院。當時的廣東佛教以曹洞宗一枝獨秀，尤其壽昌法脈最具影響。當時有道獨禪師在廣州長壽寺、華林寺等大轉法輪，接引不少士人。他與嗣法弟子剩人和尚及天然和尚感慨故國滅亡，而清廷又連翻屠殺漢人，眼下的信徒亦有不少是身受其害，心中悲苦莫名又無可奈何，閒來只有吟詩明志。由於三位禪師接引百千名遺民，加上他們的詩詞多隱含懷念故國的意思，引起朝廷猜忌，甚至視他們的寺院為「反清復明」的基地，於是興起幾場的文字獄，剩人和尚也因此被處流放。
為避免朝廷的干預，部分壽昌派的弟子轉到由葡萄牙人管理的澳門，先後在觀音堂及蓮峰廟落腳。
清初，有大汕和尚在廣州學法，之後應邀到安南弘法，為國祈雨應驗，備受國王禮遇，贈以萬金。大汕和尚攜帶巨金回國，先重修廣州長壽寺，再到澳門住持觀音堂並大肆擴充，發展成普濟禪院。
而毗近關閘的蓮峰廟原為郊野廢廟，後有雲水僧寄住，日常為鄉里治病，得村民供奉，於是建成小廟，隨順當地漁民而供奉媽娘。明末崇禎年間（1633），有曹洞宗的棲壑和尚到鼎湖山創立慶雲寺，同年應邀到澳門小廟講經，將民間廟宇興復為佛剎，是為第一代住持。到乾隆年重修，始稱為「蓮峰山新廟」，後來略稱為蓮峰廟。